しかし、『PRODUCE 48』の次のシーズンとして放送されX1を輩出した『PRODUCE X 101』(Mnet/2019年5月〜7月放送)の最終結果をめぐり放送直後から不正疑惑が浮上。Mnetの運営会社であるCJ ENMや番組に参加した芸能プロダクションが家宅捜索を受けるなどしてきた。
その結果、今月5日に『PRODUCE 101』シリーズのプロデューサーであるアン・ジュニョン氏らが逮捕。取り調べの結果、『PRODUCE X 101』および『PRODUCE 48』において投票結果を操作して順位を変えたことを認めた。アン・ジュニョン氏は芸能プロダクションから40回以上接待を受け、その金額は1000万円近いとの報道も出ている。
不正投票事件の影響は、韓国国内のみならず日本にも波及。今月15日にはIZ*ONEの初めてのワールドツアーを追ったコンサートフィルム『EYES ON ME : The Movie』が公開される予定だったが、日本においては公開が中止に。配給元の東宝は<諸般の事情を受け、関係各所と協議のうえ、本作の公開を中止させていただくことに決定いたしました>とコメントしている。